美少女の姿をして軍艦をコントロールする謎に満ちたメンタルモデルという存在と、リアルなミリタリー描写で人気を博すＳＦ海洋戦記コミックス原作のＴＶアニメの劇場版。21世紀中盤、温暖化に伴う急激な海面上昇で、人類は地上での版図を大きく失う。そこへ、謎に包まれた“霧の艦隊”が現われ、その圧倒的な武力で世界各地の海域を封鎖、制海権を失った人類は疲弊の一途を辿っていた。そんな中、横須賀・海洋総合学院の士官候補生・千早群像の前に、霧の艦隊から離脱した潜水艦“イ401”とそのメンタルモデルであるイオナが現われる。やがて群像を艦長に迎えたイ401は、日本政府の依頼を受け、“人類最後の希望”をアメリカに届けるべく、行く手に立ちはだかる霧の艦隊との戦いに臨むのだが…。（allcinema）