「劇場版ポケットモンスター ベストウイッシュ」シリーズ第三弾にして最終作。現代によみがえった三億年前のポケモンと伝説のポケモンとが激しいバトルを繰り広げる。前作と同様のスタッフおよびメインキャストに加え、女優の高島礼子とお笑いの平成ノブシコブシがゲストとして参加している。プラズマ団の手によりよみがえった三億年前のポケモン、ゲノセクト。五体のゲノセクトは故郷を目指し大都会ニュートークシティを訪れ、そこでサトシたちに攻撃を仕掛けてくる。その窮地を救ったのは伝説のポケモン、ミュウツーだった。ゲノセクトの悲しみを受け止めながらも、ミュウツーは彼らと激しい戦いを繰り広げる。戦いの中で覚醒するミュウツーの真の力とは。そしてサトシとピカチュウは街の危機を救い、ゲノセクトを無事に送りかえすことができるのか。（allcinema）