ニューヨークの動物園育ちの仲良し４頭が、マダガスカル島で大冒険を繰り広げた大ヒット・アニメの続編。ニューヨークへ帰るはずが、アフリカ大陸にやって来てしまった４頭とその仲間たちが、再び不慣れな大自然の中で力を合わせて決死のサバイバルを繰り広げる。マダガスカル島に漂着してから数年後、ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちに、いよいよニューヨークへ帰る日がやってくる。彼らは修理を終えたオンボロ飛行機に乗り、ペンギンズの操縦でついに飛び立つのだった。しかし離陸したのも束の間、燃料切れで不時着する。そこは彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。（allcinema）