ある日、氷原に住むポケモンの調査のため現地に赴いていた科学者ロンド博士の観測隊と息子のトオイは、隕石の落下に遭遇。そこへ姿を現わした幻のポケモン≪デオキシス≫と“てんくうポケモン”≪レックウザ≫の激しいバトルに巻き込まれてしまう。４年後、サトシとピカチュウたちは、ポケモンバトルに出場するためハイテク都市ラルースシティへやって来た。そして彼らは、そこで少年トオイと出会う。しかし、彼は４年前の体験からポケモンが苦手になっていた。そんな時、またしてもデオキシスが突如出現する…。（allcinema）