ある日、アメリカのスパイ衛星が軌道上で爆発し墜落してしまう。地上に降り注いだ破片の一つがオーストラリアに落下。ちょうど、そこにいた野生のワニがエサと間違えてその破片を食べてしまう。実はそのワニが食べたものはＣＩＡの極秘ファイルだった。ワニが食べたとは思いもよらないＣＩＡでは、さっそく極秘ファイル回収のため２人のエージェントをオーストラリアへと派遣する。一方、そんな事情を知らないクロコダイル・ハンターのスティーヴは、そのワニを自然保護区へ移すため捕獲に乗り出していた…。（allcinema）