世界で一番美しい町といわれる水の都“アルトマーレ”。ここでサトシとピカチュウは、不思議な技を持つ兄妹ポケモン＜ラティアス＞＜ラティオス＞と出会う。兄妹は二人でこの町のどこかに隠されている秘宝“心のしずく”を人知れず守っていた。しかし、世界的に名の知れたセクシー姉妹怪盗ザンナーとリオンがこの秘宝を狙って町にやって来た。姉妹は町で事件を引き起こし、サトシとピカチュウたちはこれに巻き込まれてしまう。そして、“心のしずく”とアルトマーレに隠された封印が解かれたことにより、町は大水害に見舞われてしまうのだった……。（allcinema）