劇場用作品三部作の完結編。ストーリーの本筋は戦争が終結に至るまでの過程だが、それよりも新人類“ニュータイプ”の誕生に焦点が当てられている。キャラクターデザイン及びアニメーション監督＝安彦良和、監督＝富野喜幸（現：富野由悠季）。主題歌の「めぐりあい」を井上大輔が歌った。ホワイトベースはジャブローを発ち、宇宙へと向かった。地球連邦の大がかりな作戦から、ジオン軍の目をそらす囮任務だった。途中、敵軍のキャメル艦隊との戦闘で機体を損傷したホワイトベースは、修理のためにサイド６に入港。そこで、アムロはサイド７で別れて以来会っていなかった父と再会する。だが、父は酸素欠乏症によって脳に障害を負い、まるで別人になってしまっていた。同じサイド６で、アムロは、偶然、ララァ・スンという女性と、ひとりの青年将校に出会う。アムロは彼こそがシャア・アズナブルに違いないと感じる。シャアが養護していた女性・ララァは、人類が宇宙に適応したことによって、より高感度の直感力と洞察力を獲得した新人類“ニュータイプ”であった。やがて、アムロとララァは戦場で再会するが…。地球連邦対ジオン軍の戦争が最終局面を迎えるなか、新たな人類が誕生する。（allcinema）