青いボディのタンク機関車“トーマス”と仲間たちの活躍を描くイギリスの子ども向け人気長寿番組「きかんしゃトーマス」を装いも新たにフルＣＧで描く映画版の第２弾。新しくレスキューセンターが建設されることになったソドー島。しかし、はりきりすぎたディーゼルの不手際で、建設に使う大切な木がすべて海に落ちてしまう。そこで、あらたな木を調達するため、トーマスはソドー島を飛び出し、メインランドへ向かうことに。ところが、トーマスを乗せたイカダが、船と連結していた鎖が切れたことで漂流してしまう事態に。やがて辿り着いたのは、霧深い謎の島“ミスティアイランド”。そこで、初めて見る３台の機関車と出会うトーマスだったが…。（allcinema）