太平洋の大海原。コナン、蘭、小五郎たち一行は、蘭の親友・園子に誘われ、豪華客船アフロディーテ号の処女航海に参加していた。船内は政財界をはじめ錚々たる顔ぶれが集い、華やかさに満ちていた。そんな中、園子が何者かに襲われ監禁される事件が発生する。コナンの活躍で園子は無事に発見されるが、今度はついに殺人事件が発生してしまう。目暮警部率いる捜査陣のヘリがアフロディーテ号に到着し本格的な捜査が始まる。やがて、15年前のある事件との関連が浮かび上がってくるが、船内ではさらなる巨大な陰謀が乗客たちを待ち受けていた…。（allcinema）