グアム島沖で突然消息を絶つ米原子力潜水艦。その救助に向かった作業艇は深海で巨大な生物と遭遇する。防衛軍准将・立花は、半世紀前に東京に上陸したゴジラではないかと主張するが、兵力に慢心する軍上層部は彼の言葉に耳を傾けない。一方、ＴＶスタッフとして日本各地で起きている超常現象を追っていた立花の娘・由里は、民間伝説＜護国聖獣伝記＞の存在に行き当たる。そして立花の予感通りついに破壊神ゴジラが姿を現した。だが圧倒的な猛威をふるうゴジラを倒せるのは“ヤマトの守護神”である３匹の護国聖獣しかいないのだ！（allcinema）